La storia narra dell'ormai diciassettenne Ben Tennyson, portatore dell'Omnitrix, un dispositivo che consente al nostro protagonista di trasformarsi in una grande varietà di alieni, ognuno con i propri poteri, tutti presenti nel suo database. Improvvisamente il nostro eroe si ritrova da solo a Bellwood, infatti Gwen si è trasferita al college, mentre l'amico Kevin e stato assunto per un lavoro, vicino a Gwen. Anche se Ben é triste e dispiaciuto sa che ha una sola scelta: prendere la strada dell'eroe solitario. Mentre Ben è distratto dalle varie missioni il nonno, Max Tennyson, che aveva intuito lo stato d'animo del nipote alla partenza dei suoi amici, gli assegna un nuovo compagno: Rook Blonko, un risolutore agile, scattante e abile nel combattimento. Mentre la storia prosegue scopriremo, durante una missione, Undertown, una città aliena nel sottosuolo che diventerà l'ambiente dove si svolgeranno gran parte delle avventure future. Trasformati negli alieni di Ben Ten. Come un eroe solitario combatterai le tue battaglie. Affronterai il nemico da solo? O ti farai accompagnare da un tuo amico? Scoprilo su Ben Ten Omniverse.