Una sera, mentre Nathan è profondamente addormentato, due sinistri Yo-kai si affacciano alla sua stanza da letto, eliminano i suoi ricordi e sottraggono il suo Yo-kai Watch. Il giorno successivo egli si imbatte nella misteriosa Bottega della Memoria dove ritrova il suo Yo-kai Watch e, dopo poco, i due divertenti Yo-kai, Jibanyan e Whisper, che i fan riconosceranno dalla serie animata televisiva. I giocatori potranno giocare nei panni di Nathan o in quelli di Katie, iniziando un viaggio nel tempo mentre cercano di svelare le ragioni che si celano dietro gli ultimi misteri e disordini nella loro città.

Ogni Yo-kai possiede una personalità distinta, ma a tutti piace creare guai, facendo del loro meglio per celarsi allo sguardo degli uomini. Con un po’ di complicità e il cibo giusto, i giocatori potranno fare amicizia con i dispettosi Yo-kai, sia quelli già noti che i nuovi, mentre prendono parte a un’avventura epica.

Nel corso dei loro viaggi, i giocatori incontreranno uno Yo-kai di nome Hovernyan, che mostrerà loro come viaggiare nel tempo. I giocatori potranno visitare Valdoro come era 60 anni prima, spostarsi tra luoghi diversi, e passare dal passato al presente in un istante, mentre si apprestano a scoprire i misteri che si nascondono dietro gli Yo-kai Spettrali. Mentre i giocatori viaggiano nel tempo per svelare misteri, potranno competere in 80 missioni secondarie emozionanti che includono aiutare i residenti del luogo con i loro problemi quotidiani. Aiutando i cittadini, i giocatori potranno scoprire nuovi Yo-kai e ricevere ricompense utili che li aiuteranno nel corso delle loro avventure.

Per la prima volta, i giocatori potranno scambiare online le loro Medaglie Yo-kai e creare un team dei loro Yo-kai preferiti per sfidare amici lontani in modalità multiplayer. I giocatori guadagneranno Punti Battaglia sia in caso di vittoria che di sconfitta e potranno usarli per acquistare oggetti dal Negozio PB ufficiale  che li aiuterà a potenziarsi e a liberare gli Yo-kai imprigionati. Questo sistema di battaglia unico incoraggia un’esperienza multiplayer amichevole ed equa per giocatori di tutte le età e abilità.